马英九的两岸路線和綠營在主張台灣政治主体性上有大同、而只在形式及手段上有小異，卻另外更有其複雜性：
1.〝鞏固「新詞代替〝維持〞」現狀〞下之〝不統不獨不武〞的〝不統〞、明顯與陸方的〝和平統一，一國两制〞最高方針正面相沖。
2.  政經分離，若被正常化，則两岸的政治關係有可能愈行愈遠、短期的利益有可能犧牲到長期的目標。
3.  马堅持〝反共不反中〞的心態，因二者在現實上難予區分，難不將大陸的政制問題和两岸問題掛鈎，不但意識型態化了两岸關係、再加上他極度何美國傾斜的做法〔譬如明表甚想見小布什却無意會胡、又嚴辭駁斥温總〕，更有可能對陸方本身構成威脅。
因此，除非陸方的對台布局有重大鬆動，馬英九信誓旦旦欲建構的两岸路線、非但不易帶來真正意义的大突破，反而牽涉到後果極其嚴重的大局問題。